Organické hnojení je nezbytnou součástí systému výživy a hnojení cukrovky. Nejvhodnější hnojiva jsou hnůj 
a kompost. V poslední době je více využíváno i zelené hnojení. Dávka hnoje je kolem 40 tun na hektar. Důležitější než dávka je vždy termín zaorání. Nejvhodnější pro přeměnu hnoje a pro tvorbu půdní struktury je zaorání v září. V některých případech (zejména na těžkých půdách, nebo v suchých oblastech) je vhodné zaorávat hnůj k předplodině. Kejda se slámou je vhodným organickým hnojivem, pokud je rovnoměrně aplikována ve stejných termínech jako hnůj. Aplikace kejdy v předjaří vysloveně ohrožuje výsledek pěstování cukrovky jak ve výnosu, tak v jakosti.
