Při vlhkosti nažek po sklizni nad 21% je potřeba do 24 hodin provést vyčištění a vysušení. Čistí se před sušením, u zvláště znečištěných partií ještě jednou po vysušení. Suší se na obchodovatelnou vlhkost 8%. Slunečnice se má skladovat ve věžových silech, neboť vyžaduje kondiční provětrávání.