Častou chorobou řepy při vzcházení a na počátku růstu (do vytvoření druhotné kůry) je spála řepná. Způsobují ji parazitické půdní houby, které napadají vzcházející a mladé rostlinky v nepříznivých půdních, vláhových a teplotních podmínkách (půdní škraloup, nedostatek vzduchu v půdě, rozplavení půdy dešti, velké výkyvy teploty). Ochrana spočívá v moření osiva účinnými fungicidy.